Στις αρχές του 13ου αιώνα και με την έναρξη της Φραγκοκρατίας στην Ελλάδα, η Άμφισσα μετονομάστηκε από τους Φράγκους κατακτητές σε «La Sole» – στα ελληνικά πήρε το όνομα «Σάλωνα».
Για την προέλευση της ονομασίας «Σάλωνα», η οποία διατηρήθηκε μέχρι και το τέλος της Τουρκοκρατίας, υπάρχουν διαφορετικές εκδοχές.
Μία από αυτές υποστηρίζει πως το όνομα αποτελεί παραφθορά της λέξης Σαλονίκη και δόθηκε στην Άμφισσα από τον βασιλιά της Θεσσαλονίκης, Βονιφάτιο Μομφερατικό, ο οποίος κατέλαβε την Άμφισσα και την υπόλοιπη νότια Ελλάδα.
Σύμφωνα με άλλη εκδοχή, η ονομασία προέρχεται από τη συνεκφορά «έσω αλώνια», με την οποία αναφέρονταν οι κάτοικοι σε περιοχή της Άμφισσας. Η ονομασία παρεφθάρει σε «εσάλωνα» και «σάλωνα», κατά το Σεπόλια (έσω πόλις).
Τέλος, υπάρχει η άποψη πως η νέα ονομασία της πόλης προέρχεται από τη λέξη σάλος που σημαίνει «τράνταγμα» (τα σάλωνα, δηλαδή «που τραντάζονται, σαλεύουν»), εξαιτίας των πολλών σεισμών που συνέβαιναν στην περιοχή.
Το «Κάστρο των Σαλώνων» ονομάστηκε «Κάστρο της Ωριάς» την περίοδο που η Άμφισσα βρισκόταν υπό καταλανική διοίκηση, όταν κυβερνούσε την πόλη για λογαριασμό της χήρας του τελευταίου Καταλανού κόμη, Ελένης Κατακουζηνής, ένας Φράγκος ιερέας, με την ονομασία Στράτος, τυραννικός και φιλοχρήματος.
To 1394 άρπαξε την όμορφη ανιψιά του Επισκόπου Σεραφείμ, Αρετή και τη φυλάκισε στο κάστρο. Ο Σεραφείμ τότε κάλεσε τους Τούρκους να έρθουν σε βοήθεια.
Όταν πληροφορήθηκε ο παπά-Στράτος ότι οι Τούρκοι έρχονται με πρόσκληση του επισκόπου, σκότωσε την Αρετή πετώντας την από το κάστρο.
Σύμφωνα με μια άλλη εκδοχή, όταν οι Τούρκοι πήραν το κάστρο, τον 15ο αιώνα, η βασιλοπούλα Μαρία Φαντρίκ αυτοκτόνησε πέφτοντας από τα βράχια του κάστρου για να γλιτώσει.
Έτσι δημιουργήθηκε ο θρύλος του« Κάστρου της Ωριάς». Δεν είναι ξεκάθαρο τελικά αν η «Ωριά» ήταν η ανιψιά του δεσπότη Αρετή ή η βασιλοπούλα Μαρία.
Κατά την επανάσταση του 1821, τα Σάλωνα έγιναν το επίκεντρο του ξεσηκωμού στη Ρούμελη λόγω της γειτνίασης με βουνά όπου δρούσαν πολλοί κλέφτες.
Το Πάσχα του 1821, ο Πανουργιάς, επικεφαλής των Ελλήνων αγωνιστών, πάτησε το κάστρο και η φρουρά των 600 Τούρκων εξοντώθηκε. Τα Σάλωνα έγιναν το πρώτο κάστρο που έπεσε σε ελληνικά χέρια.
Το 1825 οι Τούρκοι ανακατέλαβαν ξανά τα Σάλωνα, για μερικούς μήνες, ενώ το ίδιο συνέβη και το 1826, από τον Κιουταχή. Τη δεύτερη φορά, κράτησαν την πόλη μέχρι το 1829, οπότε την παρέδωσαν στον Δημήτριο Υψηλάντη.
Μετά την απελευθέρωση της Ελλάδας, η πόλη ξαναπήρε επίσημα το αρχαίο όνομα Άμφισσα, το 1833. *Πληροφορίες από το www.kastra.eu