Εμφύλιος πόλεμος της Ελλάδας επηρέασε βαθιά και τον αθλητισμό. Στην Κύπρο, το 1948, ο ΣΕΓΑΣ, κάλεσε τα αθλητικά σωματεία να υπογράψουν δήλωση ότι ήταν «εθνικοφρόνων φρονημάτων». Κάποιοι αθλητές αρνήθηκαν να υπογράψουν και εκδιώχθηκαν ή αποχώρησαν από τους συλλόγους.
Οι αριστεροί διαχώρισαν τη θέση τους από τη δεξιά κι έτσι μαζί με τις νέες ομάδες ίδρυσαν και την Κυπριακή Ερασιτεχνική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία (ΚΕΠΟ). Οι ομάδες που λάμβαναν μέρος στο πρωτάθλημα της ήταν η Νέα Σαλαμίνα στην Αμμόχωστο, η Ομόνοια και ο Ορφέας στη Λευκωσία, η Αλκή στη Λάρνακα, ο ΑΜΟΛ στη Λεμεσό (που το 1951 μετονομάστηκε σε Ανταίο) και ο Νέος Αστέρας στη Μόρφου (σήμερα ονομάζεται ΑΕΜ Μόρφου).
Η «εθνοκτόνος ανταρσία»
Στις 23 Μαΐου το Διοικητικό Συμβούλιο του ΑΠΟΕΛ,έστειλε τηλεγράφημα προς τον ΣΕΓΑΣ απευθύνοντας «εγκάρδιο αδελφικό χαιρετισμό σε ολόκληρη την ελληνική αθλούμενη νεολαία» και ευχόμενη «όπως τερματισθεί η εθνοκτόνος ανταρσία». Η πρόταση αυτή προκάλεσε τα μέλη αριστερών πεποιθήσεων, τα οποία θεώρησαν πως με αυτή τη δήλωση ο ΑΠΟΕΛ έλαβε πολιτική θέση στον ελληνικό εμφύλιο.
Οι ποδοσφαιριστές Κώστας Λυμπουρής, Αγησίλαος Τσιαλής, Γωγάκης Καραγιάννης, Τάκης Σκαλιώτης, Ανδρέας Καριόλου κ.α. διαχώρισαν τη θέση τους και αρνήθηκαν να υπογράψουν τις δηλώσεις για την «εθνοκτόνο ανταρσία». Παρά τις προσπάθειες δεν υπήρξε κανένας συμβιβασμός και τελικά αποχώρησαν.
Στις 26 Μαΐου, ο «Νέος Κυπριακός Φύλαξ» με δημοσίευμά του ενημέρωνε:
«Για τους 5-6 κουμμουνιστάς ποδοσφαιριστάς, δεν έχομεν παρά να τούς επαναλάβωμεν όσα είπαμεν διά τους ομοϊδεάτας των άλλων Συλλόγων: ΌΞΩ από τα γήπεδά μας. Κάμετε δικά σας. Εις τα δικά μας γήπεδα θα μπαίνουν μόνον εκείνοι που σκέπτονται ως Έλληνες και όχι εκείνοι που εξυμνούν τους προδότας».
Οποιοσδήποτε υποστήριζε την αριστερά στον Εμφύλιο Πόλεμο της Ελλάδας, δεν μπορούσε να συνεχίσει την αθλητική του πορεία στα εθνικόφρονα σωματεία.
Πράσινο για την ελπίδα
Μία από τις μεγαλύτερες όμως διασπάσεις, ήταν αυτή του ΑΠΟΕΛ, από τις τάξεις του οποίου δημιουργήθηκε ο Αθλητικός Σύλλογος Ομόνοιας Λευκωσίας και ως σήμερα παραμένει μεγάλος αντίπαλος των γαλαζοκίτρινων.
Στις 4 Ιουνίου, ο Δρ. Ματθαίος Παπαπέτρου, δημοτικός σύμβουλος Λευκωσίας, συγκάλεσε σύσκεψη με θέμα την «ίδρυση νέου αθλητικού σωματείου, ακομμάτιστου». Δεκατρείς ημέρες αργότερα, πραγματοποιήθηκε η πρώτη Καταστατική Γενική Συνέλευση του νέου αθλητικού σωματείου. Τον Δεκέμβριο του ιδίου έτους, η ομάδα απέκτησε δικό της οίκημα: το όνομά τη Ομόνοια, για να συμβολίζει την αντίθεση στον διχασμό και σύμβολό της το πράσινο τριφύλλι, στο χρώμα της ελπίδας.
Νέα ομάδα, νέο οίκημα
Στις 19 Δεκεμβρίου 1948, πραγματοποιήθηκαν τα εγκαίνια της Ομόνοιας. Ο «Ανεξάρτητος» 
έγραφε: «Σεμνά αλλά και επιβλητικά ετελέσθησαν χθες την πρωίαν εν Λευκωσία τα εγκαίνια του λαμπρού αθλητικού Σωματείου της πρωτευούσης ΟΜΟΝΟΙΑ. Τα μέλη και πολλαί εκατοντάδες λαού παρηκολούθησαν την τελετήν. Το οίκημα του Σωματείου ήταν καταλλήλως διεκοσμημένον με αθλητικάς εικόνας και ελληνικάς σημαίας. Την έναρξιν της τελετής εκήρυξεν ο εκ των μελών του προσωρινού Διοικητικού Συμβουλίου του Σωματείου και Δημοτικός Σύμβουλος Λευκωσίας κ. Ματθαίος Παπαπέτρου ο οποίος κατεφέρθη δριμύτατα κατά των καπήλων του κυπριακού αθλητισμού και ηυχήθη εις το Σωματείον ΟΜΟΝΟΙΑ καθώς και εις την νεοϊδρυθείσαν κυπριακήν ερασιτεχνικήν ποδοσφαιρικήν ομοσπονδίαν ΚΕΠΟ, στάδιον λαμπρόν».
Λουλούδια στο πρώτο ντέρμπι
Οι δύο μεγάλες ομάδες βρέθηκαν αντιμέτωπες στις 24 Οκτωβρίου 1953. Οι φίλαθλοι της Ομόνοιας υποδέχτηκαν τους φιλάθλους του ΑΠΟΕΛ με λουλούδια στο χέρι. Οι μεν φώναξαν τρεις φορές «ΑΠΟΕΛ» και οι δε απάντησαν άλλες τρεις «Ομόνοια». Κάθισαν όλοι μαζί ανάμεικτα, αφού έως τότε δεν υπήρχε διαχωρισμός στις κερκίδες. Το γήπεδο είχε γεμίσει ασφυκτικά και ο Τύπος έκανε λόγο για τη μεγαλύτερη κοσμοσυρροή σε αθλητικό αγώνα της τελευταίας δεκαετίας. Μόλις, γέμισε και η τελευταία γωνιά, ο αγώνας ξεκίνησε για πρώτη φορά, πριν την καθορισμένη ώρα.
Η «τιτανομαχία» όπως χαρακτηρίστηκε έληξε με 2-0 υπέρ των γαλαζοκίτρινων.
Ο πρώτος τίτλος και το ρεκόρ
Η χρονιά 1960-1961, υπήρξε μία από τις καλύτερες για την ομάδα, καθώς και ορόσημο, αφού κατέκτησε τον πρώτο της τίτλο. Ήταν η χρονιά που την περιέγραφαν και ως «θύελλα», αφού είχε καταφέρει μέσα σε 24 αγώνες να σημειώσει το ρεκόρ των 91 τερμάτων.
Τίτλοι και διακρίσεις
Υπό την αιγίδα της ΚΕΠΟ
Πρωταθλήτρια (4): 1948-49, 1949-50, 1950-51, 1951-52
Κυπελλούχος (5): 1948-49, 1949-50, 1950-51, 1951-52, 1952-53
Υπό την αιγίδα της ΚΟΠ
Πρωτάθλημα Κύπρου:Πρωταθλήτρια (20): 1960-61, 1965-66, 1971-72, 1973-74, 1974-75,1975-76, 1976-77, 1977-78, 1978-79, 1980-81, 1981-82, 1982-83, 1983-84, 1984-85, 1986-87, 1988-89, 1992-93, 2000-01, 2002-03, 2009-10
Κύπελλο Κύπρου:Κυπελλούχος (14): 1965, 1972, 1974, 1980, 1981, 1982, 1983, 1988, 1991, 1994, 2000, 2005, 2011, 2012
Super Cup (Ασπίδα Πάκκου/Στυλιανάκη/ΚΟΠ):Νικήτρια (16): 1966, 1969, 1979, 1981, 1982, 1983, 1987, 1988, 1989, 1991, 1994, 2001, 2003, 2005, 2010, 2012
Πέντε νταμπλ (κατάκτηση πρωταθλήματος και κυπέλλου την ίδια περίοδο): 1971-72, 1973-74, 1980-81, 1981-82, 1982-83
Τρία τρεμπλ (κατάκτηση πρωταθλήματος, κυπέλλου και ασπίδα την ίδια περίοδο): 1980-81, 1981-82, 1982-83
Πληροφορίες και Φωτογραφίες: Πενήντα χρόνια Ομόνοια, μισός αιώνας δόξας
Διαβάστε επίσης στη ΜτΧ: «Αν ζούσε ο πατέρας μου, μπορεί να μην ήμουν ποδοσφαιριστής». Ο Σωτήρης Καϊάφας, το αναντικατάστατο 9άρι της Ομόνοιας, που βγήκε πρώτος σκόρερ της Ευρώπης και έβαλε 489 γκολ
