Ο «Μυστικός Δείπνος» του Λεονάρντο Ντα Βίντσι είναι από σημαντικότερα και πλέον αμφιλεγόμενα έργα. Καλύπτει ολόκληρο τοίχο της τραπεζαρίας του μοναστηρίου Σάντα Μαρία ντέλε Γκράτσιε στο Μιλάνο.
Δημιουργήθηκε το 1495 από τον Ντα Βίντσι, ύστερα από επιθυμία του δούκα του Μιλάνου, ο οποίος ανέλαβε την ανακαίνιση της εκκλησίας. Απεικονίζει τον Ιησού με τους μαθητές του στην Ιερουσαλήμ, στο τελευταίο δείπνο πριν τη Σταύρωση. Σύμφωνα με τη θρησκευτική παράδοση, εκείνο το βράδυ ο Ιησούς έπλυνε τα πόδια των μαθητών και τους κοινώνησε με το σώμα και το αίμα του.
Στη συνέχεια τους μίλησε για τον θάνατο και αναφέρθηκε στην επικείμενη προδοσία του. Ο Ιωάννης τον ρώτησε: «Ποιος, είναι, Κύριε, αυτός που θα σε προδώσει;» και ο Ιησούς απάντησε: «Είναι αυτός που θα του δώσω το ψωμί». Πλησίασε τον Ιούδα, και του είπε: «Ο,τι είναι να κάνεις, κάντο γρήγορα».
Σύμφωνα με την επικρατέστερη θεωρία, ο Λεονάρντο Ντα Βίντσι απεικόνισε τους μαθητές τη στιγμή της ανακοίνωσης της προδοσίας. Για το λόγο αυτό, μερικοί φαίνονται σκυμμένοι, να χειρονομούν και να οπισθοχωρούν από οργή. Η απεικόνιση είναι μοναδική επειδή πρόκειται για την πρώτη φορά, που ο Ιησούς και οι μαθητές του δεν αναπαρίστανται ήρεμοι και γαλήνιοι στον Μυστικό Δείπνο.
Ο Ντα Βίντσι χρειάστηκε επτά χρόνια για να ολοκληρώσει το έργο και χρησιμοποίησε πραγματικά μοντέλα. Για το πρόσωπο του Ιησού, πέρασαν αρκετοί νέοι από το εργαστήρι του μεγάλου καλλιτέχνη, ανάμεσα στους οποίους επέλεξε έναν 19χρονο που είχε όμορφο και γαλήνιο πρόσωπο. Χρειάστηκε έξι μήνες για ζωγραφίσει το πρόσωπο του Ιησού και έξι χρόνια για τους 12 Αποστόλους.
Τελευταίο ζωγράφισε τον Ιούδα. Το μοντέλο που χρησιμοποίησε ήταν ένας εγκληματίας, που βρισκόταν φυλακισμένος σε μπουντρούμι της Ρώμης. Είχε σκοτεινό πρόσωπο που έβγαζε κακία και φθόνο. Στο έργο ο Ιούδας βρίσκεται πέμπτος στη σειρά από δεξιά και φοράει μπλε και πράσινο χιτώνα. Στο χέρι του κρατάει πουγκί, που συμβολίζει την προδοσία του.
Ο Ντα Βίντσι ζωγράφισε πάνω σε σκαλωσιά παρουσία κοινού
Σύμφωνα με αυτόπτη μάρτυρα: «Μερικές φορές στεκόταν εκεί από τα χαράματα μέχρι τη δύση του ηλίου, χωρίς να αφήνει καθόλου το πινέλο, ξεχνώντας να φάει και να πιει, ζωγραφίζοντας ακατάπαυστα. Άλλες φορές πάλι είχε δύο, τρεις ή τέσσερις μέρες να αγγίξει το πινέλο, αν και περνούσε πολλές ώρες την ημέρα όρθιος μπροστά στο έργο του, με τα χέρια διπλωμένα, εξετάζοντας και σχολιάζοντας τις φιγούρες.
Επίσης τον είδα μεσημεριάτικα να αφήνει την Κόρτε Βέκια, όπου εργαζόταν στο πήλινο άλογό του και, σπρωγμένος από ακαταμάχητο οίστρο, να έρχεται κατευθείαν στη Σάντα Μαρία ντέλε Γκράτσιε, αγνοώντας το λιοπύρι, να ανεβαίνει στη σκαλωσιά, να παίρνει το πινέλο του, να βάζει μια δυο πινελιές και μετά να φεύγει».
Δεν χρησιμοποίησε την τεχνική της τοιχογραφίας με την άμεση επάλειψη χρώματος σε υγρή κονία. Ο λόγος ήταν ότι δεν θα μπορούσε να κάνει αλλαγές στον πίνακα, κάτι που δυσχεραίνει τη φωτοσκίαση. Ο Λεονάρντο προτίμησε να ζωγραφίσει σε στεγνή κονία. Για το λόγο αυτό, το έργο ξεφλούδισε και υπέστη φθορές.
Το 1796 γαλλικά στρατεύματα έριξαν πέτρες στον τοίχο και έδεναν τα άλογα τους στο μοναστήρι.
Κατά τη διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου το κτήριο βομβαρδίστηκε.
Η αποκατάσταση του έργου ξεκίνησε το 1980 και ολοκληρώθηκε το 1999. Ωστόσο, πολλά από τα αρχικά χρώματα χάθηκαν με αποτέλεσμα να μείνει θαμπό.
Πρόκειται για ένα από ομορφότερα έργα του Ντα Βίντσι, με ακρίβεια στη λεπτομέρεια και πολλούς συμβολισμούς.