Η Φράνσις γεννήθηκε και μεγάλωσε στο Ιλινόις των ΗΠΑ. Παντρεύτηκε Έλμερ Κλέιτον, απέκτησαν τρία παιδιά και μετακόμισαν στη Μινεσότα, όπου είχαν μία φάρμα.
Το 1861, όταν ξέσπασε ο Αμερικάνικος εμφύλιος, ο Έλμερ έσπευσε να αγωνιστεί για τους βόρειους.
Σε αντίθεση με τους περισσότερους άντρες της εποχής, δεν πήγε μόνος του.
Πήρε μαζί την γυναίκα του, η οποία μεταμφιέστηκε σε άντρα, με το όνομα Τζακ Γουίλιαμς. Η μεταμόρφωσή της ήταν εύκολη υπόθεση καθώς η Φράνσις ήταν ψηλή, ιδιαίτερα λεπτή και όταν κουρεύτηκε έμοιαζε πολύ με άντρα.
Σύμφωνα με τα άρθρα που κυκλοφόρησαν όταν αποκαλύφθηκε η μεταμφίεσή της, η Φράνσις πολέμησε σε 17 μάχες.
Στη μάχη του οχυρού Ντόνελσον, πολέμησε γενναία για τρεις μέρες και συνέβαλε στη νίκη των βορείων.
Τραυματίστηκε, αλλά δεν επέτρεψε σε κανέναν να τη βοηθήσει, γιατί φοβόταν ότι θα καταλάβαιναν ότι ήταν γυναίκα.
Στη μάχη του ποταμού Στόουνς, στις 31 Δεκεμβρίου του 1862, είδε τον άντρα της να πέφτει νεκρός μπροστά της.
Σύμφωνα με ορισμένες πηγές, δεν σταμάτησε να πολεμά. Πέρασε από πάνω του και όρμησε στη μάχη.
Η Φράνσις ήταν γενναία πολεμίστρια και εξαιρετικά συμπαθής στο στράτευμα. Κανείς δεν υποπτευόταν ότι ήταν γυναίκα.
Όπως έγραψαν οι εφημερίδες: «Η Φράνσις Κλέιτον απέκτησε πολλές αντρικές συνήθειες. Για να κρύψει το φύλο της, έμαθε να πίνει, να καπνίζει, να μασάει τομπάκο και να βρίζει. Της άρεσαν ιδιαίτερα τα πούρα. Τζόγαρε ακόμα και ένας άλλος στρατιώτης θυμάται να έχει παίξει πολλές φορές πόκερ μαζί της».
Άντρες που πολέμησαν μαζί της έλεγαν πως ήταν εξαιρετικά καλή ιππέας και ξιφομάχος.
Περπατούσε με ίσια την πλάτη, σαν σωστός στρατιώτης.
Ήταν καλά εκπαιδευμένη, γνώριζε τα καθήκοντά της και προκαλούσε τον σεβασμό και την εκτίμηση όποιου γνώριζε.
Υπάρχουν δύο διαφορετικές εκδοχές σχετικά με τον τρόπο που αποκαλύφθηκε το πραγματικό της φύλο.
Στην πρώτη, ήταν η ίδια η Φράνσις που αποφάσισε να πει το μυστικό της και να απολυθεί απ’ τον στρατό.
Σύμφωνα με τη δεύτερη εκδοχή, την ανακάλυψαν όταν τραυματίστηκε στη μάχη του ποταμού Στόουνς.
Η Φράνσις δεν επιβεβαίωσε καμία από τις δύο εκδοχές και δεν έγινε ποτέ γνωστό τι ακριβώς συνέβη.
Το σίγουρο είναι ότι αφού απολύθηκε, ξεκίνησε το ταξίδι για τη Μινεσότα, αλλά τη λήστεψαν στο τρένο της επιστροφής.
Πήγε στο Ιλινόις, όπου δημιουργήθηκε ένα ταμείο από άλλους στρατιώτες, οι οποίοι συγκέντρωσαν χρήματα για να τη βοηθήσουν.
Εκεί χάθηκαν τα ίχνη της, καθώς οι εφημερίδες σταμάτησαν να γράφουν.
Η ιστορία της δημοσιεύθηκε από έξι διαφορετικά έντυπα, το καθένα από το οποίο άλλαζε λεπτομέρειες, με αποτέλεσμα να υπάρχουν δεκάδες ανακρίβειες μέχρι σήμερα.
