Ένα από τα μεγάλα αναπάντητα ερωτήματα της νεώτερης ιστορίας είναι ποιος σκότωσε τον Γεώργιο Καραϊσκάκη. Για πολλούς, έπεσε στο πεδίο της μάχης από εχθρικά πυρά και για άλλους, από Έλληνες που ενεργούσαν για λογαριασμό των αντιπάλων του.
Ο ήρωας πέθανε ανήμερα της γιορτής του στις 23 Απριλίου του 1827 και θάφτηκε όπως επιθυμούσε στον Άγιο Δημήτριο Σαλαμίνας. Λίγο νωρίτερα, είχε πληροφορηθεί τον θάνατο της γυναίκας του της Γκόλφως και πολλοί φοβήθηκαν ότι θα εγκατέλειπε την πολιορκία. Ο Καραϊσκάκης έγραψε ένα γράμμα στην κυβέρνηση που έλεγε ότι δεν θα εγκατέλειπε τον αγώνα παρότι το χρέος του τον προσκαλούσε να πάει κοντά στα παιδιά του. Δεν έμεινε, όμως, για πολύ καιρό ζωντανός.
Ο Κολοκοτρώνης, που τον αγαπούσε σαν παιδί του, τον είχε προειδοποιήσει να φυλάγεται και να μην διακινδυνεύει τη ζωή του σε ασήμαντες αψιμαχίες, διότι ήταν ηγέτης και από αυτόν εξαρτιόνταν το ασκέρι του και ο αγώνας. Δυστυχώς, ο ρουμελιώτης ήρωας διάβασε το γράμμα του Γέρου όταν ξεψυχούσε.
Ο Καραϊσκάκης ετάφη στη Σαλαμίνα και επί Όθωνα τα οστά του μεταφέρθηκαν σε μνημείο στο Νέο Φάληρο κατ΄εντολή του βασιλιά.
Όμως, τα οστά του χάθηκαν και σήμερα δεν γνωρίζει κανείς που βρίσκονται. Πολλοί υποστηρίζουν ότι χάθηκαν από το μνημείο κατά τη διάρκεια της χούντας, όταν ένα συνεργείο πήγε να κάνει ανακαίνιση στο μνημείο του Φαλήρου. Οι εργάτες δεν ήξεραν περί τίνος πρόκειται και, σύμφωνα με αυτή τη εκδοχή πέταξαν τα οστά στη θάλασσα.